Първите писмени документи за Мелк датират от 831 г., където градът е упоменат с името Медилика. През 976 г. маркграф Леополд І Бабенберг превръща крепостта в Мелк в своя резиденция, която неговите наследници обзавеждат с ценни съкровища и реликви. От този момент съдбата на Мелк е тясно обвързана с тази на Бабенбергите, чиито владения стават ядро на съвременна Австрия. С разширяването на земите им на изток, центърът на властта на Бабенбергите се измества първо в Тулн, а по-късно в Клостернойбург. По този начин замъкът в Мелк загубва своето стратегическо значение и Бабенбергите го отстъпват на монасите от Ордена на св. Бенедикт, които с течение на времето го превръщат в един от най-известните и най-богати манастири в Централна Европа. През 1989 г. манастирът в Мелк отпразнува своята 900-годишнина от деня, в който е превърнат в монашеска обител.
