Историята на църквата започва преди нейното построяване – през 829 г., когато тялото на св. Марк – един от четиримата евангелисти, е откраднато от Александрия /Египет/ и пренесено във Венеция. Три години по-късно е осветена първата базилика в чест на светеца.
Във вида, в който е позната днес, църквата е построена едва през 1063 г. Освен да се отдаде почит към св. Марк, с катедралата се демонстрирало могъществото на Венецианската република. Построена е по подобие на църквата ,,Дванадесетте апостоли” в Константинопол – с пет купола, във византийски стил. В славните години на републиката всеки кораб, който акостирал в града е трябвало да направи подарък на катедралата. Днес най-ценните от тях се съхраняват в съкровищницата на храма. Там се намират знаменитият Златен олтар (Pala d'Oro), украсен с повече от 2000 скъпоценни камъка, и прочутите бронзови коне, донесени от Константинопол след завладяването му от кръстоносците.
