Университетът е основан през 1364 г. от Казимир Велики. Той е най-старият университет в Източна Европа след Карловския университет в Прага. Наречен е на династията Ягело, тъй като през 15 в. те го подпомагат финансово, дори кралица Ядвига дарява всичките си бижута. Университетът е наричан "Главен колеж". Негови възпитаници са Николай Коперник, крал Ян Собиески, Иво Андрич и папа Йоан Павел II. И днес университетът е най-престижният в Полша.
